No Ensino Fundamental II, o estudante é desafiado a se adaptar a um novo tipo de organização escolar: tem que aprender a lidar com um número maior de professores, diversas matérias, com horários mais rígidos e com uma rotina de atividades escolares mais exigente.
Compreendendo essas transformações cognitivas, afetivas e sociais pelas quais os adolescentes estão passando e seu direito à formação integral, o Instituto Maria Auxiliadora e a RSB (Rede Salesiana Brasil) propõem conteúdos e métodos elaborados que motivam e envolvem o educando na vivência do processo científico próprio a cada campo de conhecimento, além de valorizar a observação, a experiência, a discussão, a pesquisa, a reflexão, a postura crítica e a criação nas estratégias propostas. A escola também dá ênfase ao incentivo e à prática da leitura.
Todas estas atividades objetivam suscitar discussões e reflexões sobre temas tratados nas disciplinas e favorecer ao aluno desenvolver sua oralidade e demonstrar suas conquistas culturais e seu aprimoramento no raciocínio lógico, analítico, estético e ético.